La chiesa ed il convento francescano si trovano nella Fortezza Vecchia, l’attuale Piazza del Museo, il luogo di culto essendo costruito sul sito della prima chiesa della città nel XI secolo. Nel 1390, la Chiesa di San Michele fu utilizzata come chiesa parrocchiale, e fu concessa all’ordine domenicano. I frati domenicani iniziarono, con il sostegno di Janos Hunyadi, la costruzione degli attuali edifici del Convento. Nel 1556 iniziò la Riforma a Cluj, i frati furono allontanati dalla città, e nel 1693, contemporaneamente con l’instaurazione della giurisdizione Asburga sulla Transilvania, la Chiesa e gli edifici furono concessi all’ordine dei Gesuiti. Nel 1697, un incendio bruciò la Chiesa e gli edifici, e la volta gotica fu distrutta definitivamente, ed i gesuiti iniziarono la costruzione della nuova chiesa in Via dell’Università – oggi Chiesa dei Piaristi.
Nel 1728, l’ordine dei Francescani iniziò la ricostruzione in stile barocco della chiesa che durò fino nel 1745. La Chiesa è tipo una sala che conserva ancora le tracce degli elementi gotici delle ex finestre e contrafforti. Al centro dell’altare, esiste un quadro religioso dipinto nel 1730, copia fedele di un dipinto ritrovato a Roma nella Chiesa di Santa Maria Maggiore. Nelle cappelle laterali, ci sono i monumenti funerari degli aristocratici della Transilvania, il più importante è quello della famiglia Korniş. Questo monumento fu realizzato su iniziativa del conte Sigismondo Korniş, governatore della Transilvania tra il 1713 e 1731. Esso porta dalla cappella del castello di Mănăstireni un crocifisso a grandi dimensioni e può essere considerata la più importante opera d’arte presente in chiesa.
Nel 1949, l’ordine dei Francescani fu sciolto in Romania, ed i frati francescani tornarono a Cluj-Napoca, dopo il 1990, momento in cui iniziò un processo di restituzione delle proprietà possedute.
