La iglesia y el monasterio franciscanos están ubicados en Cetatea Veche, la actual Piaţa Muzeului; la iglesia fue alzada sobre el sitio donde estuvo la primera iglesia de la ciudad, en el siglo XI. En el año 1390 la iglesia San Miguel pudo ser utilizada como iglesia parroquial, y este local fue concedido a la orden dominicana. Los monjes dominicanos empezaron, con el apoyo de Iancu de Hunedoara, la construcción de los actuales edificios del recinto del monasterio. El año 1556 marca el inicio de la Reforma en Cluj, los monjes fueron expulsados de la ciudad, y desde el 1693, con la instauración de la jurisdicción habsbúrgica sobre Transilvania, la iglesia y los edificios fueron dados a la orden jesuita. En el año 1697 un incendio quemó la iglesia y los edificios, destruyéndose definitivamente la bóveda gótica; los jesuitas empezaron la edificación de una nueva iglesia en la calle Universităţii – hoy en día la Iglesia de los Piaristas.
En el año 1728 la orden franciscana empieza la reconstrucción en estidlo barroco de la iglesia, que perduró hasta 1745. La iglesia es una de tipo sala, que aún conserva huellas de los elementos góticos, huellas de las antiguas ventanas y contrafuertes. En la parte central del altar está un cuadro religioso pintado en el año 1730, copia fiel del cuadro hallado en Roma, en la Iglesia Santa María la Mayor (Santa Maria Maggiore). En las capillas laterales se hallan los monumentos funerales de los aristócratas de Transilvania, el más importante siendo el de la familia Korniş. Este monumento fue arreglado a iniciativa del conde Segismundo Korniş, gobernador de Transilvania entre los años 1713-1731. Él trae de la capilla del castillo de Mănăstireni un crucifijo de dimensiones impresionantes, que puede ser considerado el más importante objeto de arte de la iglesia.
En el año 1949 la orden franciscana fue disuelta sobre el territorio de Rumanía; los monjes franciscanos volvieron a Cluj-Napoca después de 1990, cuando empieza un proceso de retrocesión de las propiedades que ellos tuvieron.
