L’église du monastère franciscain a été construite au centre de l’ancienne forteresse de Cluj, à l’emplacement de la première église de la ville construite au XIème siècle. À partir de 1390, l’emplacement a été offert à l’ordre Dominicain qui, avec le soutien du voïvode de la Transylvanie, Iancu de Hunedoara, a commencé la construction des bâtiments actuels à l’intérieur du monastère.
L’année 1556 marque le début de la Réforme à Cluj, les moines dominicains sont expulsés de la ville et l’église devient à son tour une église Luthérienne, Calviniste et Unitarienne. En 1693, avec l’établissement de la juridiction des Habsbourg dans la Transylvanie, les bâtiments sont devenus la propriété de l’ordre des Jésuites.
L’église a été détruite par un incendie en 1697, la voûte gothique a été définitivement détruite. Les jésuites ont commencé à construire l’église dans la rue Universității, connue aujourd’hui sous le nom d’église des Piaristes. Entre 1728-1745 l’ordre Franciscain commence et achève la construction de l’église actuelle de style baroque.
L’histoire de l’emplacement de cette église lui confère un statut unique, étant le lieu de culte de toutes les dénominations chrétiennes spécifiques à l’Europe Occidentale. Les objets religieux les plus importants de l’église sont une peinture religieuse peinte en 1730 et la chapelle funéraire de la famille Korniș. Le tableau religieux représentant la Vierge Marie, est une copie fidèle d’un tableau célèbre de l’église Santa Maria Maggiore de Rome. La chapelle funéraire de la famille Korniș a été aménagée à l’initiative du comte Sigismund Korniș, l’un des aristocrates les plus importants de la région de Cluj et gouverneur de la Transylvanie entre 1713 et 1731. Dans cette chapelle se trouve un crucifix de dimensions impressionnantes qui peut être considéré comme l’un des objets d’art les plus importants de la Transylvanie Médiévale. Le crucifix représente fidèlement les détails anatomiques d’un homme crucifié sur la croix.
En 1948, l’ordre Franciscain a été dissous sur le territoire roumain, les bâtiments du monastère franciscain devenant jusque après 1990 le siège du lycée de musique Sigismund Toduță. A partir de 1990, a commencé un processus de restauration des propriétés à l’ordre Franciscain, à présent l’église et les bâtiments du monastère étant la propriété de cet ordre.
