En el año 1486 en la calle Lupilor, la actual calle M. Kogălniceanu, al lado del Bastión de los Sastres, la municipalidad dona un espacio a la orden franciscana-minorita a instancia del rey Matías Corvino. Éste apoya financieramente la edificación del monasterio y envía un monje arquitecto especialista en el estilo gótico, muy famoso en aquellos tiempos, para supervisar las obras. La iglesia, dedicada a la Virgen María, y los edificios adyacentes, fueron terminados en el año 1516. La reforma llega hasta Cluj, los monjes y clérigos romano-católicos fueron expulsados de la ciudad hasta el año 1580; el instituto permanece inhabitado, y luego será tomado por la orden jesuita.
Empezando con el año 1603, la mayoría de los edificios católicos, especialmente los jesuitas, fueron destruidos por los unitarios.
En el año 1638, el príncipe Gheorghe Rakoczi, decide reformar la iglesia de acuerdo con el proyecto inicial; a estos efectos, tuvo que traer maestros del área del Mar Báltico, especialistas en bóvedas ojivales. La iglesia es una edificación gótica de tipo sala, con un sistema de bóvedas góticas en forma de estrella.
El más importante objeto de arte de la catedral es el púlpito, que fecha desde el siglo XVII. Los últimos dos príncipes de Transilvania – Mihail Apafi I y Mihail Apafi II – junto con sus esposas, fueron enterrados en el interior de esta catedral.
